ワタルを倒してチャンピオン、かと思いきや奥から登場したのはライバル。なんと、一足先にライバルがチャンピオンになっていました。 ということで、ライバルとチャンピオンの座を賭けて戦うことに。
ライバルの手持ちは前回戦った時から大きく変わっていません。すべてが最終進化になり、レベルが大きく上がっています。 道具をフル活用しながら、しっかりタイプ相性で有利を取って戦いましょう。 ライバルを倒したら見事チャンピオンとなり、殿堂入りです。駆けつけたオーキド博士と共に殿堂入りメンバーを登録します。そしてスタッフロールへ。
これでストーリーはエンディングを迎えることとなります。 クリア後はハナダのどうくつでミュウツーに会えるようになります。 あとはポケモン図鑑を完成させたり、ポケモンを育成したりして遊びましょう。